Die Verbindung zwischen der Schifferbörse und der heutigen Niederrheinischen IHK reicht bis in die Gründungszeit zurück. Bereits 1899 wurde die Handelskammer zu Ruhrort zur unmittelbaren Aufsichtsbehörde der neuen Schifferbörse bestimmt. Noch vor deren Eröffnung übernahm sie damit wichtige organisatorische Aufgaben: Sie bereitete die Arbeitsstrukturen vor, erließ Geschäftsordnungen für die Organe der Börse und war für die Kassen- und Rechnungsführung verantwortlich. Auch personell waren beide Institutionen von Beginn an eng miteinander verbunden. Die Beschäftigten der Schifferbörse waren überwiegend hauptamtlich für die Handelskammer und nebenamtlich für die Börse tätig. Als das neue Börsengebäude im Oktober 1901 eröffnet wurde, zog deshalb auch die Ruhrorter Handelskammer dort ein.

Aus dieser frühen Zusammenarbeit entwickelte sich eine Verbindung, die die gesamte Geschichte der Schifferbörse prägen sollte. Die Handelskammer begleitete nicht nur die organisatorische Arbeit, sondern war auch eng in zentrale fachliche Aufgaben eingebunden. Gemeinsam mit dem Börsenvorstand veröffentlichte sie beispielsweise die Gutachten über Handelsbräuche in der Rheinschifffahrt. Gerichte und Behörden griffen auf diese Expertise zurück, wenn es um strittige Fragen des Schifffahrts- und Hafenverkehrs ging. Auch bei der Entwicklung des Schiedsgerichts, den jährlichen Börsenversammlungen und den verkehrspolitischen Aktivitäten arbeiteten Kammer und Schifferbörse eng zusammen. Die Satzung von 1976 fasste dieses gewachsene Verhältnis schließlich ausdrücklich zusammen: Die Schifferbörse blieb eine selbständige Organisation mit eigenem Geschäftsbereich, war aber mit der Industrie- und Handelskammer in „Personal- und Realunion“ verbunden.

Als das historische Schifferbörsengebäude Anfang der 1980er Jahre seine Funktion als dauerhafter Sitz der Institution verlor, zog auch die Geschäftsführung in die Mercatorstraße zur IHK. Die Verbindung bestand damit unabhängig vom Gebäude fort. Einen weiteren wichtigen Schritt brachte die Neuaufstellung der Schifferbörse im Jahr 2012. Mit der Gründung als eingetragener Verein wurde in der Satzung eindeutig festgelegt, dass die Geschäftsführung von der Niederrheinischen Industrie- und Handelskammer Duisburg-Wesel-Kleve zu Duisburg wahrgenommen wird. Der Geschäftsführer führt seitdem die laufenden Geschäfte im Benehmen mit dem Börsenvorstand; auch die Kassen- und Rechnungsführung liegt bei der Geschäftsführung. Damit setzt sich eine Verbindung fort, die bereits vor der eigentlichen Eröffnung der Schifferbörse begonnen hat: Seit mehr als 125 Jahren schafft die IHK den organisatorischen Rahmen, in dem die Unternehmen und Akteure der Binnenschifffahrt ihre gemeinsamen Interessen in der Schifferbörse vertreten können.