Die Kriegsjahre von 1939 bis 1945 brachten für die Binnenschifffahrt und die Schifferbörse tiefgreifende Veränderungen mit sich. Mit Beginn des Zweiten Weltkriegs wurde die Rheinschifffahrt vollständig auf die Bedürfnisse der Kriegswirtschaft ausgerichtet. Die freie Frachtenbildung entfiel, stattdessen legten staatliche Frachtenausschüsse die Frachtsätze fest. Die Schifferbörse verlor damit ihre bisherige Funktion als Handelsplatz und beschränkte sich auf die Veröffentlichung von Tagesnotierungen.

Gleichzeitig stand die Binnenschifffahrt unter erheblichem Druck. Viele Schiffe waren überaltert, Schleppzüge wurden zunehmend Ziel alliierter Luftangriffe, und Kriegseinwirkungen verursachten erhebliche Schäden an Schiffen und Infrastruktur. Hinzu kam ein wachsender Personalmangel, da zahlreiche Schiffsbesatzungen zum Militär eingezogen wurden. Um den Betrieb aufrechtzuerhalten, setzte die Branche verstärkt ausländische Arbeitskräfte und Zwangsarbeiter ein, die einen bedeutenden Teil der Besatzungen stellten.

Auch die Auswirkungen des Krieges auf die Schifferbörse selbst waren deutlich spürbar. Während die schwierige Lage der Schifffahrt in den frühen Kriegsjahren noch in den Geschäftsberichten dokumentiert wurde, liegen für die Zeit von 1942 bis 1952 keine Berichte mehr vor, vermutlich infolge kriegsbedingter Verluste. Zudem erwiesen sich die Luftschutzmaßnahmen am Börsengebäude als unzureichend, sodass es 1942 zu Bombenschäden kam.

Trotz aller Belastungen blieb der Rhein eine der wichtigsten Verkehrsadern Deutschlands. Insbesondere für den Transport kriegswichtiger Rohstoffe war die Binnenschifffahrt unverzichtbar. Die Jahre des Zweiten Weltkriegs zeigen, wie stark Schifffahrt und Schifferbörse von staatlicher Kontrolle, Materialverschleiß, Luftangriffen, Personalmangel und dem Einsatz von Zwangsarbeit geprägt waren.