Mit der Machtübernahme der Nationalsozialisten im Jahr 1933 veränderten sich die Rahmenbedingungen für Wirtschaft und Schifffahrt grundlegend. Der Staat griff zunehmend in die bis dahin weitgehend selbstständigen Strukturen der Binnenschifffahrt ein und unterwarf immer mehr Bereiche einer zentralen Lenkung. Davon betroffen war auch der Frachtenmarkt auf dem Rhein, der über Jahrzehnte von freien Verhandlungen zwischen Schiffern, Reedern, Verladern und Spediteuren geprägt gewesen war. Für die Schifferbörse bedeutete diese Entwicklung einen tiefgreifenden Wandel ihrer bisherigen Aufgaben und Einflussmöglichkeiten.

Mit dem „Gesetz zur Bekämpfung der Notlage in der Binnenschifffahrt“ gingen 1933 wesentliche Kompetenzen auf staatliche Stellen über. Die Festsetzung von Frachten und Schlepplöhnen, die zu den zentralen Tätigkeiten der Schifferbörse gehört hatten, wurde nun staatlich geregelt. Damit entfiel ein Kernbereich der Börsenarbeit. Die Schifferbörse passte sich den veränderten politischen und wirtschaftlichen Verhältnissen an und wirkte am Aufbau eines Schifferbetriebsverbands mit. Zugleich blieb sie ein wichtiger Treffpunkt und eine anerkannte Fachinstitution der Branche, deren Erfahrung und Sachkunde weiterhin gefragt waren.

Die Entwicklungen nach 1933 zeigen zugleich die Grenzen der Selbstverwaltung in der Zeit des Nationalsozialismus. Mit der staatlichen Lenkung des Frachtenmarktes verlor die Schifferbörse zentrale Aufgaben, die ihre Arbeit seit der Gründung geprägt hatten. Die freie Aushandlung von Frachten und Schlepplöhnen wich einer politischen Steuerung des Verkehrs. Dennoch blieb die Institution aufgrund ihrer fachlichen Expertise für Schiedsverfahren und Gutachten bedeutend. Die Geschichte der Schifferbörse in dieser Zeit verdeutlicht damit sowohl ihre Anpassung an die politischen Verhältnisse als auch den tiefgreifenden Wandel, den die nationalsozialistische Wirtschaftspolitik für die Rheinschifffahrt und ihre Institutionen bedeutete.